1.办公室

组织协调中心本部日常工作。负责上级和本中心重要决策、批示的督查督办；承担公文处理、会议组织、机要保密、档案史志、政务信息、宣传、机关绩效考评等工作；负责中心本部后勤服务管理；承担公用设施、公务车辆、环境清洁、房改、户籍、物业管理等工作。

2.人事科

负责直属单位领导班子建设；承担本中心人事、劳动工资、社会保障、机构编制、教育培训以及专业技术职务、工人技术等级审核管理等工作；承担本中心普法教育、双拥优抚、评优评先工作。

3.财务审计科

负责年度部门预算、财务决算编报和执行；承担财务管理、会计核算各项工作；指导直属单位的财务收支结算和会计电算化工作；负责本中心政府非税收入征缴、专项资金和国有资产的管理；负责内部审计工作。

4.航道管理科

负责拟订辖区航道养护发展规划、技术标准和测量规划以及年度航道养护和测量计划；组织开展辖区航道和航道设施养护管理、航道和水文资料收集、航道通告发布等工作；负责或参与与通航有关的拦河、跨河、临河、过河等建筑物施工、建设方案以及其他水上水下施工作业许可；负责航道整治设计审查和工程验收工作；指导直属单位航道养护、航道测量管理和辖区各市交通运输主管部门地方航道养护管理业务；负责本中心基础设施建设项目、航道专项养护和应急抢通工程等的计划统计和组织实施。

5.航标管理科

负责拟订辖区航标维护发展规划、技术标准、配布方案和年度计划；组织实施辖区航标配布、遥控遥测和维护保养管理工作；负责与通航有关的拦河、跨河、临河、过河等建筑物建设、施工助航标志设置的许可和检查验收；根据授权承担有关助航标志代理设置、维护任务；指导直属单位和辖区各市交通运输主管部门航标维护管理业务。

6.航道行政监督科（增挂航道行政执法大队）

负责拟订辖区航道行政执法工作规定、年度计划；组织开展辖区航道、航道设施行政管理工作；负责与通航有关的拦河、跨河、临河、过河等建筑物许可后的施工监管及竣工认可；负责与通航有关建筑物业主增设补设助航标志的监督检查；负责船闸建设、运行、维修的监督管理；指导直属单位和辖区各市交通运输主管部门航道行政管理（含船闸运行监督）业务。

7.设备管理科（增挂安全管理科）

负责拟订本中心船舶设备管理制度、年度维修保养和更新改造计划并组织实施；负责牵头拟订本中心安全生产制度、各项安全预案和应急预案；承担安全生产宣传教育、责任落实、检查考评、事故调查工作；组织开展综治消防、防汛抗旱、应急抢险工作；指导直属单位船舶设备管理和安全生产工作；负责政府采购和国有资产的管理工作。

8.科技信息管理科

负责拟订本中心科技信息发展规划和年度工作计划；承担科研项目立项申报和实施管理工作；负责新技术、新材料的研究、引进、推广和应用以及节能减排工作；负责信息化建设和航道信息监控中心的日常运行管理工作；承担本中心计算机网络系统及其软硬件的日常维护和安全管理；指导直属单位信息化管理工作。

9.党委办公室（监察室）

负责本中心党建、纪检监察、党风行风廉政建设、精神文明建设工作；负责信访和思想政治工作。

10.离退休人员工作科（工会）

负责本中心离退休人员的日常管理服务工作；承担中心本部计划生育、卫生保健、职工遗属、孤寡老人、丧葬管理等工作；负责工会日常工作。